La FEU surge en un contexto de grandes tensiones políticas en América con claras manifestaciones en las universidades. En Cuba influyó profundamente el proceso de reformas desarrollado en la Universidad de Córdoba por lo que se inició una etapa en la que se exigían demandas tales como: Depuración el profesorado: Con ello se perseguía expulsar de la Universidad a los profesores corruptos, pues cada vez eran más los que eran comprados y vendían fraudulentamente los títulos universitarios. Autonomía de la Universidad: Con esta se sepultaban años de atraso y dependencia colonial, pues la universidad estaba atada a la política de cada uno de los gobiernos que se sucedieron durante la República cubana. Participación del Estudiantado en la Dirección de la Universidad: Con esto se evitaban todas las atrocidades de expulsiones y maltratos a que eran expuestos los estudiantes arbitrariamente. El reconocimiento de una organización que los representara así como que participara en la dirección de la Universidad y ante todas las entidades jurídicas y legislativas. De esta forma nacía la FEU.
El 22 de diciembre de 1922 nace la organización que hoy agrupa a los estudiantes universitarios de Cuba, acorde a las necesidades de aquellos tiempos de crear una organización que los dirigiera y fuese capaz de aunarlos para su preparación y fortalecimiento como movimiento de influencia social. El primer turno en la presidencia le tocó ocuparlo a Felio Marinello, un ferviente luchador por la Reforma Universitaria, como secretario, electo como general beneplácito, designaron a Julio Antonio Mella, uno de los más destacados dirigentes quien fue asesinado el 10 de enero de 1929 en México. Luego devendría toda una etapa de desarrollo revolucionario, guiado por la influencia de Mella. Ejemplo de ello son la creación de la Universidad Popular José Martí, la Liga Antiimperialista de Cuba, la creación de la revista Alma Mater y Juventud, así como, entre otras, la celebración del Primer Congreso Nacional de Estudiantes.
La FEU saldría a la lucha revolucionaria nuevamente en la década del 50 contra la dictadura de Fulgencio Batista Zaldívar destacándose entre sus acciones la firma de la Carta de México por parte del Directorio Revolucionario, como brazo armado de la FEU en 1956 con el Movimiento 26 de Julio de Fidel Castro, así como el ataque al Palacio Presidencial en 1957, encabezadas ambas acciones por José Antonio Echeverría, Presidente de la FEU. El 11 de agosto de 1966 se constituye la Organización Continental Latinoamericana y Caribeña de Estudiantes (OCLAE), que desde su fundación ha sido presidida por la FEU.
La FEU impulsa el trabajo investigativo y la correcta aplicación del principio de la vinculación de estudio con el trabajo, la atención a las residencias estudiantiles, a las brigadas, a los estudiantes de otras nacionalidades, a las carreras pedagógicas, agropecuarias y técnicas, etc. En las décadas de los 80 y los 90 y posteriormente entre el 2000 y la actualidad la organización ha desarrollado transformaciones según la coyuntura del país: surgimiento de la FEU en cada uno de los municipios de Cuba.
